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lammps 压痕划痕模拟设置参考

  Molecular dynamics study on the effect of electric current on electrically-assisted scratching for crystal copper - IOPscience 原因深入分析如下: ✅ 切削 / 摩擦 / 划痕:局部剧烈变形 → 热量集中 这类过程模拟的是工具与材料 接触区域的强烈局部非平衡过程 ; 如果对整个系统控温,会 严重抹平局部发热、滑移带的应变能耗散 等重要现象; 所以 只在边界区域(如底部、侧边)设 thermostat,起到“热沉”作用 ; 文献经典设置就是: 底部固定 ; 边缘 slab 控温 ; 接触区完全不控温,自由演化 。 ✅ 拉伸 / 压缩 / 剪切:全局加载 → 热传导充分 是材料整体在受力,不存在特别“集中”的能量输入区域; 局部发热相对温和,且在 bulk 系统中可以通过自身结构进行导热 ; 实验中常常是等温加载(准静态过程); 所以 很多文献就直接用整体 fix nvt 控温 ,保持恒温环境,简化模拟; 注意有些更精细的研究会改为: 只在两端 slab 控温,中间 Newtonian 自由演化 。 📚 二、典型模拟场景下的控温策略总览 场景类别 控温方式 控温范围 控温方法 控温目的 注意事项 ✅ 平衡态热力学性质 (如热容、扩散、应力) 整体控温 全体系 fix nvt , fix npt 模拟室温等温状态 标准EMD方法 ✅ 热导率(Green-Kubo) 整体控温 全体系 fix nvt (前期平衡), 后期 nve 采集能流自相关函数 采样期不能控温 ✅ 热导率(NEMD) 区域控温 热源/热沉 fix langevin , fix heat 人为施加温差形成热流 中间区自由演化 ✅ 拉伸 / 压缩 / 剪切 整体控温(常用)或局部控温 全体系或上下 slab fix nvt 或 langevin slab 保持恒温,避免非真实升温 全控温可抹平热应变 ✅ 应力松弛 / 加热冷却过程 整体控温 全体系 fix nvt 或温度渐变 等温退火、升温或冷却 控温方式决定退火速率 ✅ 位错运动 / 缺陷扩散 局部控温 边界或部分 slab ...
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lammps dump 设置

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python相关

 在IDLE中运行pip install pandas是不行的。你需要在命令提示符(Command Prompt)或终端(Terminal)中运行该命令。下面是详细步骤: 使用命令提示符安装 pandas 打开命令提示符: 按 Win + R 键打开运行窗口,输入 cmd,然后按回车键。 或者你可以在开始菜单中搜索“命令提示符”并打开它。 而且运行python脚本的一般步骤: 1. 打开IDLE shell这是个交互窗口 不能直接将脚本内容直接复制到这里,但是应该可以用python +脚本路径运行 2. File -new file-粘贴脚本内容 3.这个窗口上有run

slurm设置相关

Anvil的设置 这样直接是并行不会丢失速度  用 srun 就行 #!/bin/bash # Copy/paste this job script into a text file and submit with the command: #    sbatch thefilename # job standard output will go to the file slurm-%j.out (where %j is the job ID) #SBATCH -A mat240069 #SBATCH -p wholenode # the default queue is "wholenode" queue #SBATCH --time=00:10:00   # walltime limit (HH:MM:SS) #SBATCH --nodes=4   # number of nodes #SBATCH --cpus-per-task=1 #SBATCH --ntasks=512  #   #SBATCH --job-name="lmp" #SBATCH -o out%j     # Name of stdout output file #SBATCH -e err%j     # Name of stderr error file #SBATCH --mail-user=kluo@iastate.edu #SBATCH --mail-type=all   # Send email to above address at begin and end of job export OMP_NUM_THREADS = 1 export TF_INTRA_OP_PARALLELISM_THREADS = 1 export TF_INTER_OP_PARALLELISM_THREADS = 1 source ~/.bashrc { source /anvil/projects/x-phy220096/kluo/Mg/dis18/lmp2210.sh ; } #srun --mpi=pmi2 -n 128 lmp < in.elastic sru...

vasp 应力应变曲线

  科学网—Ideal strength VASP by Hanyu Liu - 冯晓蕾的博文 (sciencenet.cn) The original method is introduced by PRL 82,2713(1999) 本文为本人工作记录。程序下载及计算方法请到  https://sourceforge.net/projects/ideal-strength-vasp/?source=navbar 感谢本程序作者: Dr. Hanyu Liu Email: hanyuliu801@gmail.com 准备工作 1.结构优化。将CONTCAR到出,在MS中导入对称性, 再转为POSCAR(for further calculations) 2.编译VASP。把VASP安装包cp到自己的目录。  for ideal tensile strength, add 'FCELL(1,1)= 0.0' to constr_cell_relax.F of vasp code. #the Stress at x axis is fixed and vasp not relax the lattice at x axis.  for ideal shear strength, add 'FCELL(1,3)= 0.0' and 'FCELL(3,1) = 0.0' constr_cell_relax.F of vasp code.  Here, you need to recompile vasp. 【make clean 】【make】 我在make的过程除了error: 没有lib。Lib文件放在mu'lu中,改下路径ming ,OK! 输入文件 0. pbs.sh (集群上提交任务的脚本 ./strenth4.py > Strength.log) 1.POSCAR 2. POTCAR 3. KPOINTS (不用太大: ./writekp.py 0.04) 4. strength4.py (核心程序,下载到Hanyu主页,见文章开篇) 5. input.dat (strength4.py 要读的输入文件) as followed: POSCAR #the name of POSCAR 0.02 #s...

Vasp neb 固定晶格模拟

准备初始和最终的文件夹 /work/qan/qan/codes/vtstscripts/ nebmake.pl ./initial/POSCAR ./final/POSCAR 5 #.pl脚本直接运行就行不用. +文件 (base) [kluo@nova 90-te-neb-5-images]$ /work/qan/qan/codes/vtstscripts/nebmake.pl ./initial/POSCAR ./final/POSCAR 5 filetype1: vasp5 filetype2: vasp5 OK, ALL SETUP HERE FOR LATER ANALYSIS, PUT OUTCAR s IN FOLDERS 00 and 06 !!!  按提示将OUTCAR分别复制到00 06 INCAR: SYSTEM = CdTe                     # Job description #NPAR=8 GGA = PS                           # ISMEAR = 0                         # Tetrahedron method with Bloechl corrections NELM = 200                         # Maximum number of SCF cycles EDIFF = 1.0E-05                   # Convergence criteria for SCF Energy PREC = Normal    ...

dpgen transfer learning

结合  DP还能干这个?——transfer learning应用之D3修正 - 知乎 (zhihu.com) 博文:修改 (blogger.com) /work/qan/kluo/Mg/dpgen/TransLnt50/simplify.json {       "type_map" : [ "Mg" ],       "mass_map" : [ 24.305 ],       "init_data_prefix" : "" ,       "init_data_sys" :  [],       "pick_data" :   "/work/qan/kluo/Mg/dpgen/TLRun/collect" ,            "labeled": false,       "init_pick_number" : 100 ,       "iter_pick_number" : 2000 ,       "model_devi_f_trust_lo" : 0.05 ,       "model_devi_f_trust_hi" : 0.2 ,             "sys_configs" : [],       "sys_batch_size" : [ "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , ...