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DeePMD 里 stop_batch 就是训练用的总 batch 数(SGD 步数)

 先把你现在的理解确认一下,然后再给一个 可以直接用的配方 。 1. 先统一一下概念:在你这个场景下 effective_epochs 怎么算 batch_size="auto" 默认含义:一批里的 原子总数 ≥ 32 。 你的每个结构本身原子数都 >32 ⇒ 每个 batch 只含 1 frame ⇒ batch_size(按 frame 算) = 1 DeePMD 里 stop_batch 就是 训练用的总 batch 数(SGD 步数) 。 所以在你的 case: [ ] 你说的 “所以 stop_batch/Nframes = effective_epochs” 在 batch_size=1 的前提下 是对的。 2. DeepMD 社区实际怎么用 stop_batch? 从官方示例和 paper 可以看出典型量级: 原始 DeePMD JCP 文章中示例:batch_size=4、 stop_batch = 1e6 ; 官方教程里也给 stop_batch = 1e6, batch_size=1 的示例,另一种是 stop_batch = 5e5, batch_size="auto" 。 DeePMD GitHub 讨论区很多 DP-GEN 输入都是 stop_batch = 4e5–5e5 ,配合 decay_steps ~ 2.5e3–4e3 ; 也有 maintainer 明说: 如果训练没收敛,就加大 stop_batch,并相应调大 decay_steps ,保证最终学习率在 1e-8 量级。 没有人给一个“圣经级”的固定公式 ,但大家的 implicit pattern 基本是: 小数据库(几千帧) → stop_batch ~ 1e6 ; 大数据库(上百万帧) → stop_batch 往往做到几百万。 也就是说, effective_epochs 绝对不会搞到 100 那么夸张 ,更多是“几到十几遍”。 3. 实用配方:给你一个按 N_frames 选 stop_batch 的规则 你未来的场景: 数据都 >32 原子 ⇒ batch_size=1; 所以你真正要决定的...
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lammps Pdamp,Tdamp的设置经验

 一张小抄(固体/位错/二维材料都适用) fix             11    all npt temp 0.1 0.1 0.5 tri 0.0 0.0 5   drag 2 tchain 3 pchain 3 保持 Pdamp ≫ Tdamp(通常 10× 左右)。 固体/低温:Tdamp 取 0.5–1 ps,Pdamp 取 5–15 ps;需要更稳就再加大 Pdamp。 所以推荐如下: 0.1K 用1 10 300K 固体 用0.5 5  高温用0.2 2 液体用0.1 1 液体/高温:Tdamp 0.2–0.5 ps,Pdamp 2–5 ps 往往够。 2D(石墨烯等,只控平面 x/y):Pdamp 常用 10–20 ps 起步,z 固定或 z NULL。 观察到体积/压力振荡大:增加 Pdamp 或加 drag 2–3,必要时把 dt 临时降到 0.5 fs。 drag 2、tchain/pchain 3 保留没坏处,确实能再抑制一点振荡;不是硬性必须,但在固体+低温+(可能还有 tri 或剪切)的组合里,“更稳”>“更快”,我一般会开着。

lammps 压痕划痕模拟设置参考

  Molecular dynamics study on the effect of electric current on electrically-assisted scratching for crystal copper - IOPscience 原因深入分析如下: ✅ 切削 / 摩擦 / 划痕:局部剧烈变形 → 热量集中 这类过程模拟的是工具与材料 接触区域的强烈局部非平衡过程 ; 如果对整个系统控温,会 严重抹平局部发热、滑移带的应变能耗散 等重要现象; 所以 只在边界区域(如底部、侧边)设 thermostat,起到“热沉”作用 ; 文献经典设置就是: 底部固定 ; 边缘 slab 控温 ; 接触区完全不控温,自由演化 。 ✅ 拉伸 / 压缩 / 剪切:全局加载 → 热传导充分 是材料整体在受力,不存在特别“集中”的能量输入区域; 局部发热相对温和,且在 bulk 系统中可以通过自身结构进行导热 ; 实验中常常是等温加载(准静态过程); 所以 很多文献就直接用整体 fix nvt 控温 ,保持恒温环境,简化模拟; 注意有些更精细的研究会改为: 只在两端 slab 控温,中间 Newtonian 自由演化 。 📚 二、典型模拟场景下的控温策略总览 场景类别 控温方式 控温范围 控温方法 控温目的 注意事项 ✅ 平衡态热力学性质 (如热容、扩散、应力) 整体控温 全体系 fix nvt , fix npt 模拟室温等温状态 标准EMD方法 ✅ 热导率(Green-Kubo) 整体控温 全体系 fix nvt (前期平衡), 后期 nve 采集能流自相关函数 采样期不能控温 ✅ 热导率(NEMD) 区域控温 热源/热沉 fix langevin , fix heat 人为施加温差形成热流 中间区自由演化 ✅ 拉伸 / 压缩 / 剪切 整体控温(常用)或局部控温 全体系或上下 slab fix nvt 或 langevin slab 保持恒温,避免非真实升温 全控温可抹平热应变 ✅ 应力松弛 / 加热冷却过程 整体控温 全体系 fix nvt 或温度渐变 等温退火、升温或冷却 控温方式决定退火速率 ✅ 位错运动 / 缺陷扩散 局部控温 边界或部分 slab ...

lammps dump 设置

dump            2 all custom 10000 Ox0npt1b${start_temp}k.trj id type  element  xu yu zu vx vy vz fx fy fz dump_modify     2   element Na S P sort id 如果文件特别大,建议改成 dump            2 all custom 10000 Ox0npt1b${start_temp}k. * id type  element  xu yu zu vx vy vz fx fy fz dump_modify     2   element Na S P sort id

python相关

 在IDLE中运行pip install pandas是不行的。你需要在命令提示符(Command Prompt)或终端(Terminal)中运行该命令。下面是详细步骤: 使用命令提示符安装 pandas 打开命令提示符: 按 Win + R 键打开运行窗口,输入 cmd,然后按回车键。 或者你可以在开始菜单中搜索“命令提示符”并打开它。 而且运行python脚本的一般步骤: 1. 打开IDLE shell这是个交互窗口 不能直接将脚本内容直接复制到这里,但是应该可以用python +脚本路径运行 2. File -new file-粘贴脚本内容 3.这个窗口上有run

slurm设置相关

Anvil的设置 这样直接是并行不会丢失速度  用 srun 就行 #!/bin/bash # Copy/paste this job script into a text file and submit with the command: #    sbatch thefilename # job standard output will go to the file slurm-%j.out (where %j is the job ID) #SBATCH -A mat240069 #SBATCH -p wholenode # the default queue is "wholenode" queue #SBATCH --time=00:10:00   # walltime limit (HH:MM:SS) #SBATCH --nodes=4   # number of nodes #SBATCH --cpus-per-task=1 #SBATCH --ntasks=512  #   #SBATCH --job-name="lmp" #SBATCH -o out%j     # Name of stdout output file #SBATCH -e err%j     # Name of stderr error file #SBATCH --mail-user=kluo@iastate.edu #SBATCH --mail-type=all   # Send email to above address at begin and end of job export OMP_NUM_THREADS = 1 export TF_INTRA_OP_PARALLELISM_THREADS = 1 export TF_INTER_OP_PARALLELISM_THREADS = 1 source ~/.bashrc { source /anvil/projects/x-phy220096/kluo/Mg/dis18/lmp2210.sh ; } #srun --mpi=pmi2 -n 128 lmp < in.elastic sru...

vasp 应力应变曲线

  科学网—Ideal strength VASP by Hanyu Liu - 冯晓蕾的博文 (sciencenet.cn) The original method is introduced by PRL 82,2713(1999) 本文为本人工作记录。程序下载及计算方法请到  https://sourceforge.net/projects/ideal-strength-vasp/?source=navbar 感谢本程序作者: Dr. Hanyu Liu Email: hanyuliu801@gmail.com 准备工作 1.结构优化。将CONTCAR到出,在MS中导入对称性, 再转为POSCAR(for further calculations) 2.编译VASP。把VASP安装包cp到自己的目录。  for ideal tensile strength, add 'FCELL(1,1)= 0.0' to constr_cell_relax.F of vasp code. #the Stress at x axis is fixed and vasp not relax the lattice at x axis.  for ideal shear strength, add 'FCELL(1,3)= 0.0' and 'FCELL(3,1) = 0.0' constr_cell_relax.F of vasp code.  Here, you need to recompile vasp. 【make clean 】【make】 我在make的过程除了error: 没有lib。Lib文件放在mu'lu中,改下路径ming ,OK! 输入文件 0. pbs.sh (集群上提交任务的脚本 ./strenth4.py > Strength.log) 1.POSCAR 2. POTCAR 3. KPOINTS (不用太大: ./writekp.py 0.04) 4. strength4.py (核心程序,下载到Hanyu主页,见文章开篇) 5. input.dat (strength4.py 要读的输入文件) as followed: POSCAR #the name of POSCAR 0.02 #s...