OVITO技巧+MS 旋转 redefine 格式化元素序号与力场一致,vasp文件格式元素替换

 问题：ovito读取数据后默认将最小的边长设置成align X轴（因为Restricted triclinic simulation cell format）,但是碰到一些情况我们需要将其余两个晶格align X/Y/Z 目的为了沿着这个晶格矢量做变形，这时候需要用到affine transformation这个模块中的transform to target cell,这个矩阵的信息可以由MS很方便获得，MS可以随意旋转或者格式化标准取向 然后在properties里的Lattice 3D可以读取VectorA/B/C即可 很方便，输入到ovtio后输出data文件的时候 不要勾选Restricted triclinic simulation cell format,不然的话又回到标准格式了。

而且一切结构都可以正交化 但是会牺牲掉另外两个不align坐标轴晶格方向的周期性最后用P S S边界条件，在ovito里面通过slice切出矩形的柱就行了，通过G(r)观察最终结构矩形柱的腰围略大一点点避免原子靠近。

问题：自己构建的或者研究的结构元素序号与力场不一致，需要手动修改结构文件里的元素序号么？

文件：需要POSCAR(.vasp)文件里的元素名称，所以整个过程需要POSCAR格式文件（vesta可以保留元素名称）。

步骤：

1.将需要格式化的文件转成POSCAR

2.复制一个副本POSCAR,并且直接文件编辑里面的元素名称一行，到准确的顺序，这个只是作为模板用，不用考虑结构合理性问题。

3.将这个副本文件拖入OVITO,记得是完全从新导入，可以看到particle types 内容是正确的顺序。

4.最后将需要格式化的文件全部转换成POSCAR,然后拖入OVITO选择保留现在的设置（即覆盖原结构文件即可）。元素就自动格式化成想要的顺序了.

快速实现元素替换和修改，采用OVITO转存为vasp格式，直接修改元素即可，后续再保存为data格式

ovito解决位移随时间变化曲线，难点是时间函数，采用Generate trajectory lines+Scatter plot 可以解决.

OVITO-Displacement vectors 无法识别unwarp结果，导致位移MSD统计有误，建议用trajectory lines给出绝对坐标重新计算或者后续用 lammps输出xu yu zu等坐标值

Data Table Text File(需要上面的技巧Scatter plot画出所需要的数据 再后续python脚本简单处理即可): 最后Data Table部分特指画图部分的数据可以单独输出每一帧。

Table of value(最常见直接)：中间Global Attributes里的值与时间的关系

Data Plot File: 图片格式pdf或者png