hikun的地下仓库

Anvil的设置 这样直接是并行不会丢失速度  用 srun 就行 #!/bin/bash # Copy/paste this job script into a text file and submit with the command: #    sbatch thefilename # job standard output will go to the file slurm-%j.out (where %j is the job ID) #SBATCH -A mat240069 #SBATCH -p wholenode # the default queue is "wholenode" queue #SBATCH --time=00:10:00   # walltime limit (HH:MM:SS) #SBATCH --nodes=4   # number of nodes #SBATCH --cpus-per-task=1 #SBATCH --ntasks=512  #   #SBATCH --job-name="lmp" #SBATCH -o out%j     # Name of stdout output file #SBATCH -e err%j     # Name of stderr error file #SBATCH --mail-user=kluo@iastate.edu #SBATCH --mail-type=all   # Send email to above address at begin and end of job export OMP_NUM_THREADS = 1 export TF_INTRA_OP_PARALLELISM_THREADS = 1 export TF_INTER_OP_PARALLELISM_THREADS = 1 source ~/.bashrc { source /anvil/projects/x-phy220096/kluo/Mg/dis18/lmp2210.sh ; } #srun --mpi=pmi2 -n 128 lmp < in.elastic sru...

  科学网—Ideal strength VASP by Hanyu Liu - 冯晓蕾的博文 (sciencenet.cn) The original method is introduced by PRL 82,2713(1999) 本文为本人工作记录。程序下载及计算方法请到  https://sourceforge.net/projects/ideal-strength-vasp/?source=navbar 感谢本程序作者： Dr. Hanyu Liu Email: hanyuliu801@gmail.com 准备工作 1.结构优化。将CONTCAR到出，在MS中导入对称性， 再转为POSCAR（for further calculations） 2.编译VASP。把VASP安装包cp到自己的目录。  for ideal tensile strength, add 'FCELL(1,1)= 0.0' to constr_cell_relax.F of vasp code. #the Stress at x axis is fixed and vasp not relax the lattice at x axis.  for ideal shear strength, add 'FCELL(1,3)= 0.0' and 'FCELL(3,1) = 0.0' constr_cell_relax.F of vasp code.  Here, you need to recompile vasp. 【make clean 】【make】 我在make的过程除了error： 没有lib。Lib文件放在mu'lu中，改下路径ming ，OK！ 输入文件 0. pbs.sh (集群上提交任务的脚本 ./strenth4.py > Strength.log) 1.POSCAR 2. POTCAR 3. KPOINTS (不用太大： ./writekp.py 0.04) 4. strength4.py (核心程序，下载到Hanyu主页，见文章开篇) 5. input.dat (strength4.py 要读的输入文件) as followed: POSCAR #the name of POSCAR 0.02 #s...

准备初始和最终的文件夹 /work/qan/qan/codes/vtstscripts/ nebmake.pl ./initial/POSCAR ./final/POSCAR 5 #.pl脚本直接运行就行不用. +文件 (base) [kluo@nova 90-te-neb-5-images]$ /work/qan/qan/codes/vtstscripts/nebmake.pl ./initial/POSCAR ./final/POSCAR 5 filetype1: vasp5 filetype2: vasp5 OK, ALL SETUP HERE FOR LATER ANALYSIS, PUT OUTCAR s IN FOLDERS 00 and 06 !!!  按提示将OUTCAR分别复制到00 06 INCAR: SYSTEM = CdTe                     # Job description #NPAR=8 GGA = PS                           # ISMEAR = 0                         # Tetrahedron method with Bloechl corrections NELM = 200                         # Maximum number of SCF cycles EDIFF = 1.0E-05                   # Convergence criteria for SCF Energy PREC = Normal    ...

结合  DP还能干这个？——transfer learning应用之D3修正 - 知乎 (zhihu.com) 博文：修改 (blogger.com) /work/qan/kluo/Mg/dpgen/TransLnt50/simplify.json {       "type_map" : [ "Mg" ],       "mass_map" : [ 24.305 ],       "init_data_prefix" : "" ,       "init_data_sys" :  [],       "pick_data" :   "/work/qan/kluo/Mg/dpgen/TLRun/collect" ,            "labeled": false,       "init_pick_number" : 100 ,       "iter_pick_number" : 2000 ,       "model_devi_f_trust_lo" : 0.05 ,       "model_devi_f_trust_hi" : 0.2 ,             "sys_configs" : [],       "sys_batch_size" : [ "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , "auto" , ...

  COHP计算 - 组内活动 - 多尺度材料模拟与应用团队 (x-mol.com) Lobster计算COOP和COHP（以IrO2为例） - DragonScience Lobster的官网： http://www.cohp.de/ 通过ICOHP直接看化学键的强弱对比 /work/qan/kluo/Mg/Mg-dislocationcore/dis17/COHP/ES04/around67/ ICOHPLIST .lobster 有所有的汇总结果 /work/qan/kluo/Mg/Mg-dislocationcore/dis17/COHP/ES04/INCAR 需要 KPOINT + WAVECAR这两个vasp文件 结果abs. charge spilling:   0.47%这个指标很重要 小于2%才可信 WARNING: This looks like a VASP calculation, but not all required files WARNING: are readable. Please check the following list of files: WARNING: missing or empty KPOINTS WARNING: missing or empty WAVECAR SYSTEM = Mg                       # Job description NCORE = 16 ISTART = 1 ICHARG = 1 GGA = PE                           # ISMEAR = 1                         # Tetrahedron method with Bloechl corrections NELM = 200     ...

 注意：OVITO给出的位错线和伯格斯矢量的 方向（不满足右手法则） 很可能是错误的，记得自己检验一下。 通常位错线的方向为出纸面的方向，即垂直纸面向外的方向。 而且位错移动步长和伯格斯矢量的长度 没有必然相等 的关系，一般移动距离小于伯格斯矢量（由于畸变的原因） 4分钟学会判断位错类型_哔哩哔哩_bilibili 【材科基干货】第18期：收藏！位错交割竟如此简单！ - 知乎 (zhihu.com) 1. 先设计位错矩阵分布，从而确定需要的raw晶体形状 2. atomsk .\ZnSraw.cif ZnSraw.cfg 转换成cfg格式 3.在OVITO里重置原点 为0，只是为了读原子坐标不需要输出文件。atomsk里用的始终是相对位置，所以这样可以在OVITO里直接读取原子位置，从而算出位错的具体相对位置（很重要） The given position should not correspond exactly to an atom position, otherwise that atom would have an infinite displacement. If you obtain strange results like discontinuities, holes or large displacements, then change the position of the dislocation.（构建后可以适当调整位置） 4.相信atomsk，完全没问题。而且注意用edge(保持原子数不变)。 对位错环的理解： 1.位错环有唯一一个伯格斯矢量 2.由于位错环是闭合曲线，所以位错环上对向的位错线方向相反，且互为正负位错。 3. 方向（伯格斯矢量）相反的两个位错移动到同一点，则会双双消失，或称“ 湮灭 ”，若没有与其他位错发生作用或移到晶体表面，那么任何单个位错都不会自行“消失”（即伯格斯矢量始终保持守恒）。 4.所以某种意义上来说，晶体内容更容易出现的是独立的位错环，而不是普通的位错线，因为很难想象有这么长的位错线贯穿整个晶体。因为位错线不可能在晶体内部中断吧？ 5. 位错线必须是连续的，它或者起止于晶体表面（或 晶界 ），或形成封闭回路（位错环），或者在结点处和其它位错相连。由于景深的关系，我们通常在高分辨或者使用双束条件获得的都是一段...

 问题：ovito读取数据后默认将最小的边长设置成align X轴（因为Restricted triclinic simulation cell format）,但是碰到一些情况我们需要将其余两个晶格align X/Y/Z 目的为了沿着这个晶格矢量做变形，这时候需要用到affine transformation这个模块中的transform to target cell（用 transformation matrix里的 1 0 0 旋转 没有用， 最后无法保存标准可用的data格式 ）,这个矩阵的信息可以由MS很方便获得，MS可以随意旋转或者格式化标准取向 然后在properties里的Lattice 3D可以读取VectorA/B/C即可 很方便，输入到ovtio的transform to target cell后，输出data文件的时候 默认勾选 Restricted triclinic simulation cell format就可以了。 而且一切结构都可以正交化 但是会牺牲掉另外两个不align坐标轴晶格方向的周期性最后用P S S边界条件，在ovito里面通过slice切出矩形的柱就行了，通过G(r)观察最终结构矩形柱的腰围略大一点点避免原子靠近。 问题：自己构建的或者研究的结构元素序号与力场不一致，需要手动修改结构文件里的元素序号么？ 文件：需要POSCAR(.vasp)文件里的元素名称，所以整个过程需要POSCAR格式文件（vesta可以保留元素名称）。 步骤： 1.将需要格式化的文件转成POSCAR 2.复制一个副本POSCAR,并且直接文件编辑里面的元素名称一行，到准确的顺序，这个只是作为模板用，不用考虑结构合理性问题。 3.将这个副本文件拖入OVITO,记得是完全从新导入，可以看到particle types 内容是正确的顺序。 4.最后将需要格式化的文件全部转换成POSCAR,然后拖入OVITO选择保留现在的设置（即覆盖原结构文件即可）。元素就自动格式化成想要的顺序了. 快速实现 元素替换 和修改，采用OVITO转存为vasp格式，直接修改元素即可，后续再保存为data格式 ovito解决位移随时间变化曲线，难点是时间函数，采用Generate trajectory lines+ Scatter plot 可以解决. OVITO-...