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lammps vasp 弹性常数计算方法

VASP弹性常数计算：
ISYM=0
IBRION=6                        # CG Geom Opt
ISIF=3                          # Relax atoms and cell
NFREE=4


要在不同的系统上运行它，只需要修改文件 init.mod（温度 结构数据） 和 potential.mod（势文件）。 为了正确计算弹性常数，必须注意在 init.mod 中指定正确的单位（units、cfac 和 cunits）。 验证应力分量的 MD 采样是否生成准确的统计平均值也很重要。 一个迹象是弹性常数对 init.mod 中变量 ${up} 的选择不敏感。 另一个是检查有限大小效应。

  1. relaxBox 0压0温度/data/gpfs/assoc/matersimul/kunluo/Mg/dpgen/MD/relaxBox（in.elastic里有relaxbox的命令，所以不是必须的）
  2. 计算elastic 0温度
    1. Copy需要的文件 displace.mod(不变), in.elastic(不变), , init.mod(结构信息), potential.mod(势文件), restart.Mgrelax, slurm
    2. 修改文件 init.mod,带温度的是不同的文件
      1. Init.mod 区别：up 1.0e-3, 例子是1.0e-6，整体感觉和高温的差很多，还是用1.0e-3 (需要多算几个测试一下 建议可以提高到1.0e-2, castep 默认是0.003 即3.0e-3), 有温度就用2.0e-2
      2. 用read_restart      restart.npt 替换read_data       data.CdTeconcell，直接读取之前的结果
      3. read_restart      restart.Mgrelax
      4. change_box   all triclinic
      5. Mass 1  24.305
    3. 修改potential.mod
      1. deepmd /data/gpfs/assoc/matersimul/kunluo/Mg/dpgen/iter.000044/00.train/000/Mg4400.pb
  3. Npt 1bar 300K 10ps /data/gpfs/assoc/matersimul/kunluo/Mg/dpgen/MD/npt300
    1. 修改文件 init.mod,带温度的是不同的init.mod文件
      1. variable up equal 2.0e-2
      2. variable temp equal 300.0
      3. read_restart      restart.Mgnpt
      4. change_box   all triclinic
      5. Mass 1  24.305
    2. 修改potential.mod
      1. deepmd /data/gpfs/assoc/matersimul/kunluo/Mg/dpgen/iter.000044/00.train/001/Mg4401.pb

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lammps 压痕划痕模拟设置参考

  Molecular dynamics study on the effect of electric current on electrically-assisted scratching for crystal copper - IOPscience 原因深入分析如下： ✅ 切削 / 摩擦 / 划痕：局部剧烈变形 → 热量集中 这类过程模拟的是工具与材料 接触区域的强烈局部非平衡过程 ； 如果对整个系统控温，会 严重抹平局部发热、滑移带的应变能耗散 等重要现象； 所以 只在边界区域（如底部、侧边）设 thermostat，起到“热沉”作用 ； 文献经典设置就是： 底部固定 ； 边缘 slab 控温 ； 接触区完全不控温，自由演化 。 ✅ 拉伸 / 压缩 / 剪切：全局加载 → 热传导充分 是材料整体在受力，不存在特别“集中”的能量输入区域； 局部发热相对温和，且在 bulk 系统中可以通过自身结构进行导热 ； 实验中常常是等温加载（准静态过程）； 所以 很多文献就直接用整体 fix nvt 控温 ，保持恒温环境，简化模拟； 注意有些更精细的研究会改为： 只在两端 slab 控温，中间 Newtonian 自由演化 。 📚 二、典型模拟场景下的控温策略总览 场景类别 控温方式 控温范围 控温方法 控温目的 注意事项 ✅ 平衡态热力学性质 （如热容、扩散、应力） 整体控温 全体系 fix nvt , fix npt 模拟室温等温状态 标准EMD方法 ✅ 热导率（Green-Kubo） 整体控温 全体系 fix nvt (前期平衡), 后期 nve 采集能流自相关函数 采样期不能控温 ✅ 热导率（NEMD） 区域控温 热源/热沉 fix langevin , fix heat 人为施加温差形成热流 中间区自由演化 ✅ 拉伸 / 压缩 / 剪切 整体控温（常用）或局部控温 全体系或上下 slab fix nvt 或 langevin slab 保持恒温，避免非真实升温 全控温可抹平热应变 ✅ 应力松弛 / 加热冷却过程 整体控温 全体系 fix nvt 或温度渐变 等温退火、升温或冷却 控温方式决定退火速率 ✅ 位错运动 / 缺陷扩散 局部控温 边界或部分 slab ...
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lammps Pdamp,Tdamp的设置经验

 一张小抄（固体/位错/二维材料都适用） fix             11    all npt temp 0.1 0.1 0.5 tri 0.0 0.0 5   drag 2 tchain 3 pchain 3 保持 Pdamp ≫ Tdamp（通常 10× 左右）。 固体/低温：Tdamp 取 0.5–1 ps，Pdamp 取 5–15 ps；需要更稳就再加大 Pdamp。 所以推荐如下： 0.1K 用1 10 300K 固体 用0.5 5  高温用0.2 2 液体用0.1 1 液体/高温：Tdamp 0.2–0.5 ps，Pdamp 2–5 ps 往往够。 2D（石墨烯等，只控平面 x/y）：Pdamp 常用 10–20 ps 起步，z 固定或 z NULL。 观察到体积/压力振荡大：增加 Pdamp 或加 drag 2–3，必要时把 dt 临时降到 0.5 fs。 drag 2、tchain/pchain 3 保留没坏处，确实能再抑制一点振荡；不是硬性必须，但在固体+低温+（可能还有 tri 或剪切）的组合里，“更稳”>“更快”，我一般会开着。
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dpgen训练经验

最新的dpgen参考PtCuP /work/qan/kluo/PtCuP 0.1K的第0代采样很重要 可以多重复几次确保99以上的准确率，它是后续高温的基础 单点能计算  ISYM = 2 nohup dpgen run param.json machine.json 1>log 2>err& nohup dpgen init_bulk param.json machine.json  1>log 2>err& 初始数据集产生，只能一个POSCAR的计算 但是可以同时提多个任务，但是每个任务都需要 POTCAR POSCAR 一 一对应才行。  elements 和POSCAR POTCAR保持一致。 " type_map " : [ "Ti" , "C" , "V" , "Cr" , "Nb" , "Mo" ],都写全才行 POSCAR 不需要 改成特定顺序 程序最终生成数据集的时候会根据 type_map自动统一匹配 usage: dpgen [-h] {init_surf,init_bulk,auto_gen_param,init_reaction,run,run/report,collect,simplify,autotest,db,gui} ... dpgen is a convenient script that uses DeepGenerator to prepare initial data, drive DeepMDkit and analyze results. This script works based on several sub-commands with their own options. To see the options for the sub-commands, type "dpgen sub-command -h". positional arguments:   {init_surf,init_bulk,auto_gen_param,init_reaction,run,run/report,collect,simpli...
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